Nous sommes à la recherche d'un stagiaire Bio-informatique pour développer le projet d'exploration des outils et méthodes de visualisation de pangénome graph.
Le stage est proposé pour une durée de 6 mois, basé à Saint-Sauveur (31), nord de Toulouse
Date de démarrage : Entre février et mars 2023
Avantage : possibilité de télétravail
Permis B et véhicule requis : site non-accessible en transport en commun.
Contexte :
Dans le cadre d’études de la diversité génétique des espèces cultivées, Syngenta a mis en place des programmes de séquençage de génomes complets et mis en place une méthode de création de pangénome. Ces constructions sont disponibles sous forme de graph présentés sous différents formats selon les outils utilisés. Il existe plusieurs outils de visualisation de graph mais peu d’entre eux sont adaptés aux informations biologiques que les chercheurs souhaiteraient voir grâce à ces constructions.
Description du stage :
L’équipe bio-informatique a mis en place une méthode innovante de construction de pangénome qui permet d’obtenir un graph sous un format nouveau.
Vous aurez donc pour mission de réaliser une analyse comparative des outils public disponibles pour visualiser des données de types pangenome graph : après une veille bibliographique et après avoir défini les critères de sélection permettant de répondre à nos besoins, vous aurez la charge de tester différents outils puis de réaliser un rapport de comparaison entre ces derniers. Les développements devront suivre les règles de bonne pratique imposées par la plateforme de bio-informatique.
Qualifications
- Dernière année de formation supérieure BAC + 5
- Connaissances : Bio-informatique. Base de la génomique végétale.
- Compétences opérationnelles : langage de programmation : perl/python
- Langues : Français et Anglais
Informations supplémentaires
Syngenta s'engage pour la Diversité. Nous encourageons toutes les candidatures indépendamment de l'origine sociale et culturelle, de l'âge, du genre, du handicap, de l'orientation sexuelle ou des croyances religieuses.
#LI-PD1
Description de l'entreprise
Syngenta Seeds est l'une des plus grandes entreprises de création variétale et de production de semences au monde; pour les agriculteurs, les producteurs, les distributeurs et les petites sociétés semencières. Les semences Syngenta améliorent la qualité et le rendement des cultures. Ces semences de haute qualité garantissent de meilleures cultures plus productives; c'est pourquoi les agriculteurs les choisissent. Les semences sélectionnées aident à atténuer les risques de maladies ou liés à la sécheresse et permettent aux agriculteurs de cultiver des végétaux en utilisant moins de terres, moins d'eau, de manière moins impactante.
Syngenta Seeds apporte aux agriculteurs des plantes plus vigoureuses, plus fortes et plus résistantes, notamment des variétés hybrides innovantes et des cultures biotechnologiques qui peuvent prospérer même dans des conditions de croissance difficiles.
Le siège de Syngenta Seeds est situé aux États-Unis.
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