Nous sommes à la recherche d'un stagiaire Bio-informatique pour développer le projet d'exploration de pangénome graphe.
Le stage est proposé pour une durée de 6 mois, basé à Saint-Sauveur (31), nord de Toulouse
Date de démarrage : Entre février et mars 2023
Avantage : possibilité de télétravail
Permis B et véhicule requis : site non-accessible en transport en commun.
Contexte :
Dans le cadre d’études de la diversité génétique des espèces cultivées, Syngenta a mis en place des programmes de séquençage de génomes complets. Afin de faciliter l’analyses de ces génomes, nous avons mis en place une méthode de création de pangénome qui permet de gérer plusieurs génomes ainsi que l’information de conservation entre eux. Les pangénomes permettent l’identification des régions liés à des caractères d’intérêt qui permet de guider les programmes de sélection et le développement de nouvelles lignées.
Description du stage :
L’équipe bio-informatique a mis en place une méthode innovante de construction de pangénome. Cette méthode nous permet d’ores et déjà de couvrir entre 90 et 98% des génomes qui composent le pangénome. Les 2 à 10% manquants n’ont pas encore été caractérisés. Vous aurez pour mission de développer les outils nécessaires à l’identification, l’extraction et la caractérisation des séquences absentes du pangénome. Vous aurez également la charge de la génération des rapports d’analyses correspondants. Les développements devront suivre les règles de bonne pratique imposées par la plateforme de bio-informatique.
Qualifications
- Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5
- Connaissances : Bio-informatique. Base de la génomique végétale.
- Compétences opérationnelles : langage de programmation : perl/python
- Langues : Français et Anglais
Informations supplémentaires
Syngenta s'engage pour la Diversité. Nous encourageons toutes les candidatures indépendamment de l'origine sociale et culturelle, de l'âge, du genre, du handicap, de l'orientation sexuelle ou des croyances religieuses.
#LI-PD1
Description de l'entreprise
Syngenta Seeds est l'une des plus grandes entreprises de création variétale et de production de semences au monde; pour les agriculteurs, les producteurs, les distributeurs et les petites sociétés semencières. Les semences Syngenta améliorent la qualité et le rendement des cultures. Ces semences de haute qualité garantissent de meilleures cultures plus productives; c'est pourquoi les agriculteurs les choisissent. Les semences sélectionnées aident à atténuer les risques de maladies ou liés à la sécheresse et permettent aux agriculteurs de cultiver des végétaux en utilisant moins de terres, moins d'eau, de manière moins impactante.
Syngenta Seeds apporte aux agriculteurs des plantes plus vigoureuses, plus fortes et plus résistantes, notamment des variétés hybrides innovantes et des cultures biotechnologiques qui peuvent prospérer même dans des conditions de croissance difficiles.
Le siège de Syngenta Seeds est situé aux États-Unis.
.jpg)
.jpg)
.jpg)
+(1).jpg)